A transparência e o absoluto controle de gastos orientam a gestão do Fundo Brasil. Todos os anos, a fundação passa por uma auditoria independente e suas atividades são regularmente monitoradas pela Curadoria de Fundações do Ministério Público do Estado de São Paulo. Em 2007 a fundação foi reconhecida pela Secretaria de Justiça e Defesa da Cidadania do Estado de São Paulo como entidade promotora dos direitos humanos. Em 2008 obteve o registro perante o Conselho Municipal de Assistência Social (Comas) e em 2009 o Certificado de Isenção do Imposto Sobre Transmissão Causa Mortis e Doação de Bens e Direitos (ITCMD). Em 2015 o Fundo Brasil obteve o Certificado de Entidade Beneficente de Assistência Social (CEBAS) pelo Ministério do Desenvolvimento Social e Combate à Fome. Todos os certificados estão devidamente atualizados.
